WebMay 10, 2024 · 需要注意的是,在使用view命令时,虽然也可以直接提供一个bed格式的文件来挑选特定区域的reads,但是这种用法不会利用到bam文件的索引,所以速度很慢。对于全基因组数据,bam文件很大,上述写法虽然冗长,但是执行效率高。 2. 挑选没比对上的reads WebUsage. To see the list of available tools, simply enter arcasHLA.To view the required and optional arguments for any of the tools enter arcasHLA [command] -h.. extract: Extracts reads mapped to chromosome 6 and any HLA decoys or chromosome 6 alternates.; genotype: Genotypes HLA alleles from extracted reads (no partial alleles).; partial: …
HLA分型软件Optitype - 生物信息文件夹 - GitHub Pages
WebJan 18, 2024 · I tried to install optitype as follow: conda install -c bioconda optitype I got the message: Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve. Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source. WebSep 10, 2024 · Optitype :只对ABC进行分型,据报道准确率较高,开发团队贴心地提供了在线版本。使用效果是对ABC的分型结果不错,目标区域测序数据分析耗时在1小时左右。幸亏有在线版,自行编译安装,bioconda安装和docker都会报错。 ... humana formulary
本地conda安装optitype进行HLA分型【操作简单/空间占用 …
WebJan 8, 2015 · OptiType is a novel HLA genotyping algorithm based on integer linear programming, capable of producing accurate 4-digit HLA genotyping predictions from … Web4.使用optitype进行分型: OptiTypePipeline.py -i input_1.fastq input_2.fastq --rna -v -o /path/to/output/dir/. 详细参数说明请参照之前的文章 生科院的老张:服务器singularity安 … WebJun 25, 2024 · 使用全外显子组测序(wes)检测hla基因中的体细胞突变受到hla基因座的高度多态性的阻碍。 描述一种计算管道,其能够准确推断I类HLA-A,-B和-C基因的种系等位 … holiday taxis spain